Au moyen-âge, le seigneur propiétaire des lieux possédait de nombreux droits. Il exigeait des vassaux la mouture du blé à son moulin. Le moulin de l’Aubonnière a fonctionné jusqu’au début du siècle, il aurait probablement été situé à l’emplacement de la vieille Filature. Le seigneur percevait également un impôt en nature sur la cuisson du pain qui devait se faire à son four, situé au fond de la cour. Il jouissait également du droit de colombage, sa fuie (colombier) comportait 54 nichoirs ou « boulins » correspondant chacun à une propriété d’environ 3 arpents ou 350 perches (soit l’équivalent d’un hectare actuel). Hôtel noble et Seigneurie, relevant en arrière-fief des Baronnies de Mareuil et Vieille Tour, sous l’Hommage du Seigneur des Roches Baritaud ayant droit de moyenne et basse justice et un greffe (Archive de la Vendée, B128).
Au XVe siècle, « l’Aubouinnière » semble appartenir à Jean Samin, seigneur de la Saminière. Sa fille l’apporte en mariage (1392) à Jean Foucher, seigneur des Herbiers. Gilette Foucher reçoit l’Aubouinnière en dot lors de son contrat de mariage avec Jean Chasteigner, seigneur du Breuil de Challans passé le 23 septembre 1450. Elle lui fait donation le 11 mars 1470 devant les notaires de St Gilles -sur-Vie. (Sources : Duchene, Histoire des Chasteigners, p. 169 – Généalogie Foucher pp. 11 et 13).
Au cours du XVIe siècle, l’Aubouinnière revient aux Boutaud, seigneurs de l’Aubouinnière-des-champs, près de Sainte Péxine, sans doute à cause de Louise Foucher, femme de Guillaume Boutaud, écuyer en 1482. On retrouve par la suite Pierre Girard, seigneur de l’Aubouinniere en 1696 et Charles Girard Seigneur de l’Aubouinnière Bois-Clos, Rochereau, le Fief Leigé. Ce dernier eut un procès en 1734, et fut inhumé dans l’Eglise de Chaillé le 16 mars 1755. (Sources : Dictionnaire Historique du canton de la Roche sur Yon publié par Y. du Guerny avec la collaboration de Gilles de Maupeou Maire de Venansault).
Plus récemment, l’Aubonnière était divisé en deux exploitations agricoles. L’étage des communs était utilisé comme grenier à blé, les grosses poutres et les solives trés rapprochées pouvant supporter de lourdes charges. À la fin des années 1970, le bâtiment principal en état de ruine fut racheté et restauré tant bien que mal par une association locale qui le transforma en gite d’étape et de séjour. Sur l’extérieur, attenant à ce même Logis du côté de ses terres, un étang a été mis en oeuvre dans le vallon, donnant sur la vallée de l’Yon.
